提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
“思源工程”2022年公益支出超9亿元******
人民政协报讯(记者舒迪)记者从日前举行的中华思源工程基金会(简称“思源工程”)第三届理事会第十八次会议上获悉,作为中共中央统战部主管、民建中央发起并负责日常管理的全国性公募基金会,2022年“思源工程”公益支出9.13亿元,对接销售农产品100亿元,帮扶困难群众400万人次,为我国巩固脱贫攻坚成果、全面推进乡村振兴作出了应有的贡献。
第十一届、十二届全国人大常委会副委员长、“思源工程”理事长陈昌智指出,“思源工程”要继续做我国公益慈善事业高质量发展的实践者,笃行不怠、勇毅前行,助力共同富裕;要努力做我国公益慈善事业高质量发展的引导者,守正创新、当好表率,提供思源智慧;要积极做我国公益慈善事业高质量发展的传播者,主动作为、与时俱进,推动行业发展。
“思源工程”副理事长兼秘书长李晓林在年度工作报告中介绍,2022年,“思源工程”在多个领域取得了新进展、新成绩。
在应急救援领域,“思源工程”全力以赴,分别向多个疫情灾区、地震受灾地区、洪涝灾害地区捐赠大批防疫物资、生活物资以及灾后重建资金。
在医疗卫生领域,“思源工程”2022年捐赠39辆救护车,为6000多名先心病等家庭困难的大病患者资助医疗费用。
在数商兴农领域,“思源工程”牵头组织中国电商乡村振兴联盟及成员单位,帮助对接农产品销售金额100亿元,资助330家企业参加“三品一标”认证,带动农户75万户,其中困难户11.1万户。
在互联网公益领域,“思源工程”在互联网公开募捐信息平台上线筹款项目285个,共有1亿多人次爱心网友捐赠近1.07亿元。
在文化教育领域,“思源工程”持续资助3250名家庭困难、品学兼优的学生,援建17380所“思源云图书馆”,在100所乡村寄宿制小学开展“芭莎·课后一小时”美育项目,新增资助1636所学校开展“扬帆计划”项目等。
此外,“思源工程”建设运营的民政部指定慈善组织互联网公开募捐信息平台——帮帮公益,积极发挥第三方互联网募捐平台作用,为其他社会组织发展提供平台和资源,倡导爱心用户捐赠2.25亿元。
李晓林表示,2023年“思源工程”在中央统战部、民建中央等支持下,将继续当好参与巩固拓展脱贫攻坚成果同乡村振兴有效衔接的排头兵,接续助力欠发达地区高质量发展,为全面建设社会主义现代化国家踔厉奋发、勇毅前行。